今天小风给大家收集了一些如何用primer premier设计引物，怎样用primer premier5.0软件设计引物序列方面的信息来分享给大家，如果大家感兴趣的话就接着看下面得文章吧

Premier 的主要功能分四大块，其中有三种功能较常用，即引物设计（primer），限制酶切点分析( enzyme)，基元查找( motif)。该软件还有别的一些功能，如序列”朗读”，DNA 与蛋白序列的互换（protein），发声提示键盘输入等，但其中最优秀的却是能设计简并引物。下面介绍用primer premier5、.0软件设计引物序列的方法。方法

1、Premier 软件的起动并打开一段序列后，界面如图所示。其主要功能在主界面上一目了然（按钮功能如上述）。限制酶切点分析及基元查找功能比较简单，点击该功能按钮后，选择相应的限制酶或基元（如-1、0 序列，-3、5、 序列等），按“确定”即可。常见的限制酶和基元一般都可以找到。你还可以编辑或者添加新限制酶或基元。

2、进行引物设计时，点击“primer”按钮，界面如图所示。

3、进一步点击“search”按钮，出现 search criteria 窗口，有多种参数以调整。搜索目的（Seach For）有三种选项，PCR 引物（PCR Primers），测序引物（Sequencing Primers），杂交探针（Hybridization Probes）。搜索类型(Search Type)可选择上、下游引物（Sense/Anti-sense Primer）都分别查找(Both)，或者成对查找（Pairs），或者分别以适合上、下游引物为主（Compatible With Sense/Anti-sense Primer）。另外还可改变选择区域（Search Ranges），引物长度（Primer Length），选择方式（Search Mode），参数选择（Search Parameters）等等。研究人员可根据自己的需要设定各项参数。如果没有特殊要求，建议使用默认设置。然后按“OK”，随之出现的 Search Progress 窗口中显示 Search Completed 时，再按“OK” ，这时搜索结果以表格的形式出现，有三种显示方式，上游引物（Sense），下游引物(Anti-sense)，成对显示(Pairs)。

4、默认显示为成对方式，并按优劣次序（Rating）排列，满分为 1、00，即各指标都能达标，如图所示。

5、点击其中一对引物，如第 1、#引物，并把上述窗口挪开或退出，显示 Peimer Premier 主窗口，如图所示。该图分三部分，最上面是图示 PCR 模板及产物位置，中间是所选的上下游引物的一些性质，最下面是四种重要指标的分析，包括发夹结构（Hairpin），二聚体（Dimer），错误引发情况（False Priming），及上下游引物之间二聚体形成情况（Cross Dimer）。

6、当所分析的引物有这四种结构的形成可能时，按钮由“None”变成“Found” ，点击该按钮，在左下角的窗口中就会出现该结构的形成情况。一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是最下面的分析栏有“Found” ，只有 “None”。值得注意的是中间一栏的末尾给出该引物的最佳退火温度，可参考应用。有时需要对引物进行修饰编辑，如在 5、’端加入限制酶切点，可点击“Edit Primers”，然后修改引物序列。若要回到搜索结果中，则点击“Results”按钮。

本文到此结束，希望对大家有所帮助。

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