隔离留种佛手瓜为雌雄同株异花授粉植物，留种栽培时应注意将品种（品系）进行隔离。常采取的办法有地域隔离法和人工套袋隔离法。

地域隔离法大范围留种时，品种间种植距离至少相隔1000米，如有高山等天然隔离屏障，则可缩短至500米左右。

人工隔离法少量留种时，可在雌雄花开放前1～2天，分离套上纸袋，或用保险丝、小塑料夹夹住花瓣，授粉时将刚开放的雄花花粉涂在雌花的柱头上，随即套回纸袋或夹住花瓣，不让昆虫传粉。人工帮助授粉宜在上午6：00～8：00进行。

种瓜采收种瓜必需到达生理成熟期才可采收，即果皮由绿色变淡黄色，或由白色变淡黄白色，皮面光滑、变硬，有刺种刺瘤刚硬，手摸有刺感。选用瓜型长、大、直，刺少，纵沟浅，无伤口的果实作种瓜。种瓜大小与出根、出芽有亲密的关系，一般以单瓜重150～200克为宜。成熟度高，出芽快，若不立即播种，宜选择约有八成熟的瓜作种，并需在12～15℃的条件下贮藏。

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